1、规范的目的不同。诉讼时效的目的在于通过对民事权利的限制，督促权利人行使权利。保证期间的设定基于保证制度中平衡当事人利益的考虑，避免债权人因怠于行使权利而加大保证人的风险。规范的性质不同双方的区别在于，诉讼时效属法定期间，保证期间属约定期间。2、起算点不同。诉讼时效起算点为权利人知道或应当知道权利被侵害之时，而保证期间自主债务履行期届满时开始起算。3、法律效力不同。诉讼时效属可变期间，可因一定的法定事由而发生中止、中断或延长的法律后果，诉讼时效届满，消灭的仅是胜诉权或产生抗辩权，实体权并不因此而丧失。而保证期间在性质上属于民法理论中的除斥期间，即权利人享有某种实体权利的存续期间。期间已过，该实体权利即告消灭，消灭的是实体上的权利。