土地管理法、水法等法律同时规定了自然资源的无偿使用作为有偿使用基本原则的例外。例如土地管理法第二条，水法第七条的例外条款。之所以在自然资源使用制度改革后仍然保留无偿使用自然资源的例外情况，主要是因为。1、通过划拨等方式无偿取得土地等自然资源的使用权的情况仍然有存在的必要性。一些公益事业、公共建设仍然需要有相应的扶持。2、农村集体经济组织和农民已有的使用水资源等自然资源的权益应当得到维护，以避免增加农民负担。这也是促进农业和农村持续、稳定、健康发展，实现全面建设小康社会的目标以及构建和谐社会所必需的。