1、单位犯罪定罪存疑难。伴随着一人公司的增多，如何有效认定并追究单位刑事责任成为司法实践中的突出问题。因此，在加强取证判明行为人在单位中实际地位及经济利益归属的同时，我们认为，应依托单位诚信档案等信息平台，加强对单位法律行为的监督，避免符合单位犯罪构成要件的一人公司规避刑罚，扼制地下工厂的增长势头，防止借口工作人员个人侵权而掩饰单位犯罪的实质。2、主观认定难以把握。第一，明知的认定标准不一致。对明知的推定，有人认为是对犯罪人认识因素的推定，也有人认为是对意志因素（犯罪故意）的推定。第二，实务部门普遍反映，在假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪中，很难界定侵权产品实际销售价格，进而也就难以认定非法经营数额。第三，对于侵犯著作权罪中以营利为目的的确认。