双重国籍入境系统会自动查出来。留存出境入境人员的生物识别信息是加强出入境管理的重要举措，目前国际上已有包括美国、日本、新加坡等多个国家实施这一措施。生物识别信息除了指纹外，还包括面相、虹膜等人体特有生理特征。中国边检机关将分批在全国对外开放口岸对入境我国的14（含）至70（含）周岁外国人留存指纹。只需将入境指纹和办理国内身份证的指纹记录核对，既可发现是否重合。一旦查出来，已入籍外国但未注销国内户籍的人士，将被处理。《中华人民共和国国籍法》 第三条：中华人民共和国不承认中国公民具有双重国籍。