公司股权代持协议合法与否取决于实际情况，只要不违反法律规定，协议有效。有限责任公司可约定实际出资人以名义股东身份出资。如无规定，实际出资人与名义股东的争议不影响合同有效性。法律分析；一般情况下，公司股权代持协议是否合法，由实际情况来定。只要不违反法律的强制性规定，那么股权代持协议就有效。有限责任公司的实际出资人和名义出资人订立合同时，约定由实际出资人出资的，以名义出资人作名义股东。实际出资人和名义股东发生争议的，如果没有规定的情况，那么该合同有效。拓展延伸；公司股权代持协议的法律效力如何评估。