软件著作权登记申请费：250元／件次。该项费用只限于程序及其一种文档的登记，如申请登记多种文档，每增加一种文档，增收80元。申请例外交存手续费：320元／件次。一、软件著作权和专利的区别。1、两者的法律依据不同。软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题。2、保护原则不同。软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以用公开换保护为原则。