据记载，闽江有以下鱼类。（1）国家一级保护鱼：中华鲟和鲥鱼。（2）国家二级保护鱼：花鳗鲡、胭脂鱼、唐鱼、鯮、长薄鳅和斑鳠。（3）地方特有种有11种：短头鳗鲡、乌耳鳗鲡、福州鳗鲡、长汀拟腹吸鳅、圆斑拟腹吸鳅、九龙江拟腹吸鳅、拟腹吸鳅、裸腹原缨口鳅、花尾缨口鳅、缨口鳅、闽江扁尾薄鳅。（4）有经济价值较高或产量较大的捕捞种类近80种：如鲟鱼、鲥鱼、鲚、香鱼、银鱼、鳗鲡、胭脂鱼、鳡鱼、鳈鱼、鳤鱼、红鲌鱼、鲌鱼、倒刺鲃、鱲、马口鱼、华鳊、花、蛇鮈、似鮈、厚唇鱼、铲颔鱼、白甲鱼、纹唇鱼、鲶鱼、黄颡类、鮠类、鳜类、斑鳢和月鳢等。但在2006年，受水电站建设、河道改造、渔业捕捞等多方面因素的影响，闽江流域已出现鱼类种类数量下降、鱼类资源量下降等现象。