建设工程纠纷的解决方式包括自行协商和达成和解、调解、仲裁以及诉讼。建设工程合同备案需要网上申报并办理备案手续。建设工程施工合同纠纷的诉讼时效为三年，可中断并重新计算。法律分析；一、建设工程纠纷约定仲裁是否有效。建设工程纠纷约定仲裁是有效的，具体处理如下：1.当事人自行协商解决合同纠纷，当事人在自愿互谅的基础上达成和解协议。2.调解，双方当事人自愿在第三者的主持下进行调解。3.仲裁，由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条款或自愿达成的仲裁协议。4.诉讼，是解决合同纠纷的最终形式。二、如何进行建设工程合同备案。法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，备案的流程包括以下几项。