一般情况下，因交通事故住院新农合是不会报销的，只能是由肇事者负责任赔偿。因为依据相关规定，应当由第三人负担的医疗费用，不纳入基本医疗保险基金支付范围。法律依据。《中华人民共和国民法典》 第一千一百七十九条 侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。