增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有9%、13%(最新税率)，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税.。增值税是以商品(含应税劳务)在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。法律依据。《增值税暂行条例》；第二十一条；纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票。（一）向消费者个人销售货物或者应税劳务的。（二）销售货物或者应税劳务适用免税规定的。（三）小规模纳税人销售货物或者应税劳务的。