事实劳动关系的处理方式如下：1、双方同意维持劳动关系的，用人单位应与劳动者协商补签劳动合同，补办相关手续。2、如果劳动者不愿签订劳动合同，劳动关系应予解除，用人单位可以不向劳动者支付经济补偿金。3、用人单位故意拖延不签订劳动合同所形成的事实劳动关系，被视为劳动合同关系，如果发生依法解除的情形，并且具备支付经济补偿金的法定条件，用人单位就应当支付经济补偿金。【本文关联的相关法律依据】。《关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立。(一)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格。(二)用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。