港澳签注3个月和一年的区别在于有效期不同。港澳通行证1年一次签注和3个月一次签注的不同只在于有效期，1年一次的有效期是一年，3个月一次的有效期是3个月；1年一次指的是本次签注有效期为一年。申请赴中国，可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在中国逗留不超过7天；属于国家移民管理局规定的特别情形的，可签发3个月一次签注，每次在中国逗留不超过3天。申请赴中国澳门，可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在中国澳门逗留不超过7天。