南京灵活就业交社保流程包括。1、手机端缴费；（1）微信关注“南京社保”-点击菜单栏我的社保-自助缴费（缴费金额单笔上限5000元）。（2）“我的南京”APP-智慧人社-社会保险-灵活就业缴费（缴费金额单笔无上限限制）。2、银行柜面实时缴费，灵活就业参保人员持本人身份证和社会保障卡，在建设银行、农业银行、南京银行、邮储银行、交通银行任一营业网点柜面办理现金缴纳，其缴纳的社会保险费实时到账。补缴的方式包括。1、请原单位帮补缴：首先应先到社会资源保障局咨询一下社保断交应该怎样处理，然后领取一份补缴社保申请书并填写，然后和原单位协商请求其帮忙补缴就可以了，但是断缴时间不超过2个月原单位才能帮忙补缴。