南京灵活就业参保人员有两种缴费方式：实时缴费和预存代扣。实时缴费可通过手机端或银行柜面实时缴纳社会保险费，金额上限为5000元。预存代扣则是每月25日银行自动从缴费卡中代扣应缴的社会保险费。参保人员需确保卡内有足够金额，否则可能导致某些险种缴费中断。法律分析；南京灵活就业参保人员缴费方式。(一)实时缴费；1、手机端缴费；（1）微信关注“南京社保”-点击菜单栏我的社保-自助缴费(缴费金额单笔上限5000元)。（2）“我的南京”APP-智慧人社-社会保险-灵活就业缴费(缴费金额单笔无上限限制)。2、银行柜面实时缴费。灵活就业参保人员持本人身份证和社会保障卡，在建设银行、农业银行、南京银行、邮储银行、交通银行任一营业网点柜面办理现金缴纳，其缴纳的社会保险费实时到账。(二)预存代扣。