法律分析：根据相关法律规定，取保候审保证金的退还金额应当以实际缴纳的金额为基础，扣除已经发生的费用后进行退还。法律依据。1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百二十四条：取保候审的被告人应当缴纳保证金，依法缴纳保证金的，经审判机关批准后，可以取保候审。保证金数额由案件处理机关决定，但是不得超过被告人年收入的十倍。被告人到案后，案件处理机关应当责令其缴纳；已经缴纳的，应当退还其未扣除已经发生的费用的部分。2.《最高人民关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第七十三条：被告人提出取保候审申请，案件处理机关应当收取保证金，保证金的数额由案件处理机关决定，但不得超过被告人年收入的十倍。保证金应当在批准取保候审时缴纳，被告人出庭应诉后缴纳的，应当在收到缴纳保证金通知书后三日内缴纳。