水利部门。根据《中华人民共和国水法》《中华人民共和国防洪法》《中华人民共和国河道管理条例》等法律法规，其中各流域管理机构、地方各级水行政主管部门要把涉河建设项目管理作为加强河湖水域岸线管理的重要内容，纳入河湖长制管理范畴，依法依规强化全链条监管，强化责任落实和日常监管，切实维护河湖自然生态空间完好、功能完整，维护防洪、供水、航运、生态等公共安全，坚决守住防洪安全底线，确保河湖管理保护到位。因此大河两彻种玉米归水利部门管。