小产权房屋转让协议是不能公证的。因为小产权房屋在我国是禁止买卖的，任何买卖小产权房屋的行为都是违法行为，公证的目的在于公证房屋买卖行为的合法有效性，对于国家命令禁止的行为是不会进行公证的。根据法律规定，有下列情形之一的，公证机构不予办理公证。(一)无民事行为能力人或者民事行为能力人没有监护人代理申请办理公证的。(二)当事人与申请公证的事项没有利害关系的。(三)申请公证的事项属专业技术鉴定、评估事项的。(四)当事人之间对申请公证的事项有争议的。(五)当事人虚构、隐瞒事实，或者提供虚明材料的。(六)当事人提供的证明材料不充分或者拒绝补充证明材料的。(七)申请公证的事项不真实、不合法的。(八)申请公证的事项违背社会公德的。(九)当事人拒绝按照规定支付公证费的。