依据畜禽规模养殖污染防治条例的规定，自然保护区是属于禁养区域，所以在自然保护区内的养殖场是会被关停的，但要进行补偿，当事人对补偿不服的，可以提起行政诉讼。《畜禽规模养殖污染防治条例》。第二十五条因畜牧业发展规划、土地利用总体规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域，或者因对污染严重的畜禽养殖密集区域进行综合整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方依法予以补偿。一、禁养维权需要注意的四点。1、首先要考量是否纳入禁养范围。