无公害食品证书的有效期是三年，需要在到期前重新申请并接受审核。同时，企业在使用过程中需要注意合规性问题，一旦发现问题应及时进行整改。根据国家有关法律法规和标准的规定，无公害食品证书的有效期为三年。在此期间，企业需要确保生产经营符合相关标准和规定，并向当地农业部门提交年度监督检查报告。到期前需重新申请审核，经审核合格后可重新取得证书。在使用过程中，企业需要注意以下几点：一是遵守标准和规定，确保产品符合质量和安全要求；二是注意生产过程中的环境保护和用药安全，防止对环境和消费者造成污染和危害；三是及时建立质量追溯体系和投诉处理机制，发现问题及时进行整改和处理。如果企业存在违反标准和规定的行为或质量问题，农业部门有权撤销证书。同时，消费者也可以通过投诉和举报机制来维护自身权益。