1、医保使用范围不同。区医保的医保卡仅限于本区医保定点医院使用；而市医保的医保卡则可以在全市范围内的医保定点医院使用。2、报销比例不同。区医保的报销比例通常高于市医保。这是因为区医保的保险金额相对较低，所以相应的报销比例较高；而市医保的保险金额更高，但报销比例则较低。3、所属单位和档案存放位置不同。区医保通常为本区直属单位的职工所设立，档案存放在区人才代理中心；市医保则为市直属单位的职工设立，档案存放在市人才代理中心。