海关卫生检疫的职责主要包括。1、传染病监测。海关通过医学检查和卫生检查，监测出入境人员、交通工具、运输设备、货物、行李、邮包等可能携带传染病病原体或病媒生物的公共卫生风险，预防和控制传染病通过口岸传播。2、卫生监督。海关对出入境的交通工具、人员、食品、饮用水和其他物品进行卫生监督，确保其符合相关的卫生和安全标准。3、卫生处理。海关对来自疫区或被传染病污染的物品实施卫生处理，如消毒、销毁等，以防止传染病的传播。4、体温检测和医学巡查。海关对出入境人员进行体温检测和医学巡查，发现有症状的人员进行流行病学调查和医学排查。5、特殊物品和尸体检查。海关对可能传播传染病的特殊物品（如人体组织、生物制品、血液及其制品）和尸体进行检疫和检查。