1、设定的目的不同：创业板，也称为二板市场，主要是为了解决创业型企业、中小型企业及高科技产业企业的融资和发展需求而设立的。新三板则主要为全国中小型科技型企业提供融资渠道。2、上市要求不同：创业板采用注册制，但其上市要求相对新三板来说更为严格。新三板的上市要求较为宽松，只要符合相应层级的条件，就可以挂牌到对应的层级。3、上市交易所不同：创业板股票在深圳证券交易所上市。新三板的股票未来将在北京证券交易所上市。4、开通权限不同：交易沪深主板的股票没有资金要求，而科创板和创业板需要满足一定的资金门槛和交易经验。新三板的开通权限要求更高，分为基础层和创新层，其中精选层的股票已经改革到北交所上市，开通门槛也有所不同。