夫妻双方有两个子女的抚养权判决原则：不满两周岁的子女由母亲抚养；已满两周岁的子女根据具体情况判决最有利于子女；已满八周岁的子女应尊重其意愿。法律分析；根据我国相关法律规定，人民法院对于夫妻双方有两个子女的抚养权作出判决时，不会按照绝对平均主义将两个孩子判给两方分别抚养，将遵循以下原则。1、不满两周岁的子女由母亲抚养。2、对于已满两周岁的子女，法院会根据父母双方具体情况作出最有利于子女的判决。3、对于已满八周岁的子女，法院应尊重其意愿。拓展延伸；离婚后孩子的抚养权如何判定。