一、工程合同印花税计税依据是含税还是不含税。1、如果购销合同中只有不含税金额，以不含税金额作为印花税的计税依据。2、如果购销合同中既有不含税金额又有增值税金额，且分别记载的，以不含税金额作为印花税的计税依据。3、如果购销合同所载金额中包含增值税金额，但未分别记载的，以合同所载金额（即含税金额）作为印花税的计税依据。二、印花税的计税凭证有哪些。现行印花税只对印花税条例列举的凭证征税，具体有五类。（一）购销、加工承揽、建设工程勘查设计、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证。（二）产权转移书据。（三）营业账簿。（四）房屋产权证、工商营业执照、商标注册证、专利证、土地使用证、许可证照。（五）经财政部确定征税的其它凭证。