农民的土地使用权会受到保护。农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。农民所有的土地由县级人民政府登记造册，核发证书确认所有权，受法律保护。一、农村房子土地使用证怎么办。农村房屋土地使用证办理流程如下：1、到所在地村委会以书面形式提出申请。2、提交相关材料交由乡镇政府审核。3、进行实地测量。4、上报至县政府审核。5、公示后，发放土地使用证。根据《土地管理法实施条例》第四条第二款的规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。二、集体土地所有权确权的规定。