法律分析：为了保护职务犯罪的经济损失证据的合法性，需要注意以下几点：首先要确保证据的真实性、完整性和合法性，不能有捏造、伪造或篡改的情况。其次，要按照法定程序获取证据，不得使用非法手段获取证据。最后，要将证据妥善保管，避免证据的丢失或损坏。法律依据。《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十四条：“侦查机关和审判机关应当按照法定程序收集证据，不得使用非法的方法。”。《中华人民共和国刑法》第二百三十六条：“以虚构事实、隐瞒真相或者其他方法，使国家机关、组织、企事业单位或者人民群众在财产上受到损失的，以诈骗罪定罪处罚。”。《中华人民共和国刑法》第二百三十七条：“以暴力、威胁方法故意毁坏、灭失证据的，以妨害作证罪定罪处罚。”。