法律分析：因交通事故住院的新型农村合作医疗不予报销，只能由肇事者赔偿。根据规定，第三人应当承担的医疗费用不纳入基本医疗保险基金的支付范围。《中华人民共和国社会保险法》规定，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。1、应当从工伤保险基金中支付。2、应当由第三人承担。3、应当由公共卫生承担。4、在国外就医的。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》。第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。（一）应当从工伤保险基金中支付的。（二）应当由第三人负担的。（三）应当由公共卫生负担的。（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。