武汉市农村合作医疗门诊报销比例在不同级别的医疗机构有所不同。一般来说，一级医疗机构（乡镇卫生院、社区卫生服务中心）的报销比例较高，为80%；二级医疗机构（区县人民医院等）的报销比例为70%；而三级医疗机构（省市级医院等）的报销比例为60%。武汉市农村合作医疗门诊报销比例之所以在不同级别的医疗机构存在差异，主要是因为不同级别的医疗机构服务水平和医疗资源存在差异，因此其诊疗费用和药品价格也会有所不同。为了合理分摊医疗费用，保障广大农民的基本医疗权益，不同级别医疗机构的报销比例被设定为不同的水平。