1、取证难；大部分宅基地权属纠纷都是由于土地权属证明文件缺失，或者虽然持有土地权属证明文件，但文件上载明的宅基地边界四至与争议方实际使用的宅基地尺寸不一致，导致争议一方或双方当事人在建房时因边界不清而引发的争议。这类争议时间长，土地使用权变化大，因而取证困难。2、周期长；由于该类纠纷需要经过行政机关先行处理的前置程序，纠纷当事人对行政机关处理决定不服的，才能向提起行政诉讼，而只能对行政机关作出的处理决定予以维持或撤销。如果将处理决定撤销，则行政机关需重新作出处理决定，这可能是一个无限循环的过程。争议双方当事人在该过程中会消耗大量的精力、财力、物力，而诉讼是一种高风险的活动，其最终并不一定能够获得满意的结果。3、启动难；