跨境电商退税和一般贸易退税的主要区别在于以下几个方面。1、出口方式不同。跨境电商B2B直接出口是通过电子商务平台实现的直接出口，而一般贸易是传统的进出口贸易方式。2、申报主体不同。跨境电商B2B直接出口的申报主体通常是电商企业，而一般贸易的申报主体是传统进出口企业。3、报关流程不同。跨境电商B2B直接出口的报关流程相对简单，通常是通过电子商务平台直接申报，而一般贸易需要经过海关现场的申报和查验。4、退税流程不同。跨境电商的退税流程比一般纳税人的退税流程要复杂得多，因为跨境电商所涉及到的国家边境问题更多，所以有更多的海关监管要求，同时也要求退税公司提供更多的证明和材料。