一、性质不同；1、农村合作医疗：是一种农民医疗互助共济制度。2、社保卡：是一张集成电路（IC）卡。二、作用不同；1、农村合作医疗：在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。2、社保卡：社会保障卡作用十分广泛。持卡人不仅可以凭卡就医进行医疗保险个人账户实时结算，还可以办理养老保险事务；办理求职登记和失业登记手续；申领失业保险金；申请参加就业培训；申请劳动能力鉴定和申领享受工伤保险待遇；在网上办理有关劳动和社会保障事务等。三、针对对象不同；1、农村合作医疗：农村户籍地人员。2、社保卡：面向城镇从业人员、失业人员和离退休人员发放。参考资料来源。百度百科-中华人民共和国社会保障卡。百度百科-新型农村合作医疗。