世贸现场中包括劫机者在内总共有2749人在这次袭击中死亡。绝大多数的伤亡者为平民，其中有87个不同国家的公民。另外，根据验尸官确认，至少有一人因暴露于世贸中心倒塌时的烟尘中引发呼吸系统疾病死亡。作为对这次袭击的回应，美国发动了“反恐战争”，入侵阿富汗以消灭藏匿基地组织恐怖分子的塔利班，并通过了美国爱国者法案。其他国家也加强了反恐立法并扩大执法权。这次事件是继第二次世界大战日本以大型潜艇搭载的水上飞机和“气球炸弹”空袭美国后，美国本土首次遭受来自空中的袭击，也是继珍珠港事件后，外国势力首次对美国领土造成重大伤亡的袭击。