一、医疗纠纷协议书是否有法律效力。1、医疗纠纷协议书有法律效力。其性质属于民事合同当中的无名合同，只要医疗纠纷调解协议书能够体现患者以及医疗机构的真实意思表示，没有故意隐瞒重大医疗过失行为、胁迫、乘人之危以及显失公平等违反法律法规强制条款的行为，都是有效的。2、法律依据：《医疗事故处理条例》第四十三条。医疗事故争议由双方当事人自行协商解决的，医疗机构应当自协商解决之日起7日内向所在地卫生行政部门作出书面报告，并附具协议书。二、医疗纠纷处理流程是怎样的。医疗纠纷处理流程如下：1、医患沟通。医疗机构及医务人员有尊重患方知情权的义务，应当就患者病情及诊断治疗经过做出专业性的说明解释，加强与患方的沟通，消除误会、化解矛盾。