一、职责不同。1、财务总监的职能主要在于监督，总会计师的职能主要在于管理。2、总会计师是专业职务，财务总监是行政职务，二者是相辅相存的。二、主要工作内容不同。1、总会计师是单位行政领导成员，协助单位主要行政领导人工作，主要对单位主要行政领导负责。凡设置总会计师的单位，在单位行政领导成员中，不设与总会计师职权重叠的副职。2、财务总监主持公司财务战略规划的制定，为公司经营决策提供依据，并协助总经理制定公司战略。三、起源不同。1、财务总监制度起源于二战前后，西方国家在国有企业中建立财务总监制，监督总经理及经理层，以避免“内部人控制”，保护所有者的利益。2、总会计师起源要从建国之初开始，当时的新中国就仿效了苏联公司的经营方式，借鉴了三总师制度：总工程师、总会计师、总经济师。