醉驾不起诉不会留下案底。1、案底：一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。2、醉酒驾驶可定为“危险驾驶罪”，是刑事犯罪，经过起诉的，会进入档案，就是留有案底。3、不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。由于免予起诉的取消，对于其适用的对象，则扩充到不起诉中来。因此，醉驾不起诉了，免于刑事处罚，仅有行政处罚，不会留下案底。法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》第九十一条 饮酒后驾驶机动车的，处暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款