办理港澳通行证的流程包括提交申请、数码照相、采集指纹、受理申请、缴纳费用、制作证件和发放证件等步骤。办理港澳通行证需要携带相关证件资料和填写《内地居民往来港澳地区申请表》。未满16岁的申请人需由监护人陪同办理。办理港澳通行证的人员需按要求进行相关手续补充。法律分析；一、办港澳通行证的办理流程。1.提交申请；申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。2.数码照相；申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。3.采集指纹；