员工违反保密协议可能承担民事、行政和刑事责任。民事责任包括赔偿公司损失；行政责任可由工商行政管理机关处罚款、返还或销毁商业秘密资料；刑事责任根据刑法规定，侵犯商业秘密罪可处三年以下有期徒刑或罚金，特别严重者可处三年以上七年以下有期徒刑。重大损失指造成经济方面的重大损失，如减少盈利、增加亏损、破产等。需证明侵犯行为与损失之间的因果关系，否则不成立侵犯商业秘密罪。法律分析；若员工违反保密协议，可能要承担以下法律责任。1、民事责任，公司可以要求员工赔偿因违约或侵权给公司造成的损失。2、行政责任，根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。