合并后的公司应对员工进行补偿，可以采用现金支付、股权支付或债权支付等形式。现金支付虽然一次性解决问题，但对企业资金流造成压力；股权支付受公司法和政府限制，难以操作；债权支付可减轻企业负担，但需获得政府批准，避免违法风险。法律分析；依据《劳动法》规定，公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。对员工实行补偿通常有以下几种方式。1、现金支付形式现金支付形式就是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿金，对于现金流充裕的企业来讲，这种方式是可以接受的，而且是一次性解决，没有为改制后的企业留下什么后遗症，但是这种方式将极大的侵占企业的资金流，降低了企业抵御风险的能力，使得企业很容易陷入危机之中。