1、权限范围不一样。自然资源厅主要处理自然资源事项，国土资源厅主要处理国土资源事项。2、职能不同。自然资源厅的职能范围比较广泛，国土资源厅比较狭窄。3、单位不同。前者是由某些职能组成的政府组成部门，后者是整合发改委、林业局、农业局、水利局、住建局、地理测绘等部门组成。自然资源局的职责。1、负责自然资源的调查、监测和评价。2、负责自然资源的登记工作。3、负责自然资源资产有偿使用工作。4、负责自然资源的合理开发利用。5、建立空间规划体系并监督实施。6、统筹国土空间的生态修复。7、组织实施耕地保护制度。8、管理地质勘查行业和全国地质工作。9、落实综合防灾减灾规划的相关要求，编制地质灾害防治规划和防护标准并指导实施。10、负责矿产资源管理工作。11、监督实施海洋战略规划，并发展海洋经济。