根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，机动车在铁路道口遇到两个红灯交替闪烁时，应当停车等待。这是因为火车行驶在铁路上的速度较快，一旦发生事故，可能会造成严重的人员伤亡和财产损失。因此，遵守交通规则，停车等待是非常重要的。如果机动车不按照规定停车等待，而是直接通过铁路道口，可能给自己和他人带来巨大的危险。同时，由于该行为已经违反了法律法规，一旦被查处，将面临罚款、记分、吊销驾驶证等后果。此外，虽然铁路交通是国家交通主干线之一，但是在实际生活中，一些铁路道口并没有预留足够的时间供机动车通过，使得机动车司机只能通过红灯等待，导致交通堵塞的情况时有发生。因此，铁路交通部门应当考虑到这些实际情况，适当进行道路规划和疏导，减少影响。