1、外观和笔头设计不同。水彩笔通常具有圆形的笔头，而马克笔的笔头则有多种形状，如扁形、斜平头和尖头，且马克笔的笔头较硬，适合精确绘图。2、颜料类型和特性不同。马克笔分为水性和油性两种，水性马克笔色彩明亮，能溶于水，而油性马克笔则干得快，耐水、耐干，不易褪色；水彩笔则只有水性，其色彩鲜艳，但水分分布可能不均匀，过渡不自然，不适合叠色。3、使用效果不同。马克笔能叠色，且涂色均匀，不留笔触，适合于绘制需要叠加颜色或标记的图形，如建筑效果图、工业设计效果图等；水彩笔则不适合叠色，涂色时容易出现笔触，且色彩难以融合，更适合于儿童画或自由表达。4、价格和用途不同。马克笔的价格通常高于水彩笔，且用途广泛，适合于商业、建筑、工程和设计等领域；水彩笔则价格较低，更适合于艺术创作和儿童绘画。