长毛柯基和短毛柯基主要在毛发的长度、外观、护理难度和性格等方面存在差异。首先，长毛柯基的毛发浓密且长，覆盖全身、耳朵和尾巴等部位，外观看起来更加丰满。相比之下，短毛柯基的被毛短而平滑，通常只有脸部留有少量毛发。其次，长毛柯基的毛发需要经常进行梳理和修剪，护理难度相对较大。而短毛柯基的毛发比较短，基本不需要美容打理，沐浴露以小型犬专用为佳。在性格方面，长毛柯基和短毛柯基都非常可爱，但长毛柯基被认为是一种“失格”品种，不能作为繁育后代的对象。不过，这并不影响长毛柯基的萌值和作为家庭宠物的价值。