亲子鉴定是证明户口不在一起的亲生父子关系最有效、最直接的方法。合法鉴定机构的结论是最权威的证明。此外，子女的出生证明也可以作为证据，因为出生证明上填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等信息，并由医院在子女出生时发放，证明力较强。法律分析；户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。拓展延伸；女儿和父亲的关系证明：法律要求和常见的证明方式。