自然人股东转让股权缴税的税费主要有以下几项。1、营业税：国税总局明确个人股权转让不征收营业税。2、印花税：按照股权转让价款金额的万分之五双边征收，如果合同中股权转让价款低于股权合理价值的，税务局可以对股权转让价款进行调整。3、个人收入所得税：按照股权合理价值扣除取得股权的成本及税费后款项总额的20%缴纳。符合下列情形之一的，自然人股东转让股权缴税可以不纳税或者以较低转让款金额计算税款。(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权。(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。