一、支付进度款时合同没有约定的是否扣除预付款。为平衡双方的利益，合理解决纠纷，合同无效建设工程经竣工验收合格的，可以参照合同中的约定支付承包人工程价款是合理的。建设工程承包人虽然违反规定导致工程合同无效，但其毕竟将劳务及建筑材料物化到建设工程中。二、、工程预付款最新规定是怎样的。工程预付款最新规定具体如下：《建设工程价款结算办法》第十二条工程预付款结算应符合下列规定。(一)包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。计价执行《建设工程工程量清单计价规范》的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。