医疗纠纷司法鉴定流程如下：双方当事人共同向医学会申请或一方当事人向卫生行政部门申请，卫生行政部门同意后将其交给医学会组织鉴定，医学会接受鉴定委托后，会让医患双方提交相关材料，并在45天内出具结论，当事人对结论不服的，可在收到结论的15天内提出再次鉴定的申请。一、医疗事故技术鉴定的流程是什么。1、医患双方协商一致共同向市医学会提起鉴定申请，或患方向医疗行政部门投诉由医疗行政部门移交医学会鉴定，或由人民根据当事人申请委托医学会鉴定。2、医学会受理鉴定委托。3、由申请一方或双方交纳鉴定费。4、医学会通知双方提交陈述书、答辩书及鉴定所需材料。5、查看相关专科专家名录并选出需回避的专家。6、对双方认可的专家随机编号，由医患双方及医学会随机抽号组成专家鉴定组。