自查补缴印花税的，一般不会施以罚款。只要自查补缴印花税，最坏的结果就是收取滞纳金，并不会施以罚款。当你发现公司已经很久没有缴纳印花税了，不要着急，这种情况下，直接致电税管员，告诉他自己是主动补缴印花税的，并与税管员确定金额以及缴纳方式，这样属于比税管员先一步发现漏税，不会被施以罚款。缴纳的方式有两种，一种是按次，一次申报补以前的印花税。一种是合并如当期，在当期申报纳税，这两种申报都不会出现滞纳金或罚款。一、按次申报是一种申报方式，在这种方式下，纳税人可以在电子税务局自行补缴以前的印花税。方法。1.在电子税务局财产和行为税纳税申报入口，先做印花税税源采集。2、做按次税源采集，如果是补2021年6月1日的印花税，选择所属期是2021年的期间即可。3、点击纳税申报，选择采集的信息进行申报即可。