合同纠纷的处理方式包括协商、调解、仲裁和诉讼，最有效的方式是通过法院起诉，法院的管辖原则是被告所在地或合同履行地。合同纠纷属于民事纠纷，诉讼时效为三年。法律分析；一、入股合同纠纷怎么处理的。1、协商。合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。2、调解。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。3、仲裁。合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。4、诉讼。