委托付款三方支付协议合法，根据《民法典》规定，债务人未按约定向第三人履行债务时，应向债权人承担违约责任。根据法律依据，委托人应预付处理委托事务的费用，并偿还受托人垫付的费用及支付利息。法律分析；1、委托付款三方支付协议合法的。按照规定，当事人约定由债务人向第三人履行债务的，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定，应当向债权人承担违约责任。因此，该公司的做法是可以的，只要双方同意，并在合同上写明权利义务就行。2、法律依据：《民法典》。第九百二十一条委托人应当预付处理委托事务的费用。受托人为处理委托事务垫付的必要费用，委托人应当偿还该费用并支付利息。拓展延伸；委托付款三方支付协议的法律规定和合规要求。