医保余额第二年不清零。医保卡中的个人账户余额不会在每年年底清零，可以累计到下一年使用。个人账户的资金可以用于支付定点药店的药品费用、门诊费用以及住院费用中的个人自付部分。即使医保停缴超过6个月，个人账户中的余额仍然可以用于医疗消费，但停缴期间无法享受医保报销待遇。补缴后，如果符合条件，可以恢复医保待遇，且之前的缴费年限会继续累计。农村医保卡同样不会每年清零，当年剩余的合作医疗费用可以结转至下一年继续使用。医保的基本规定。1、医保个人账户制度：医保个人账户是指参保人员按规定缴纳的医疗保险费中划入个人账户的部分，主要用于支付门诊费用。2、账户余额结转：医保个人账户的余额在年度结束时，可以结转到下一年度继续使用，不会清零。